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光绪三十年(1905年)，副都统升呼兰厅为呼兰府，移治呼兰，而于原呼兰厅治设巴彦州，隶属呼兰府，将蒙古尔山（蒙古山）以东大、小木兰达、白杨木河一带从巴彦州划出，置木兰县，与东兴镇均隶属巴彦州。光绪三十三年（1907年）废将军，改行省制，木兰为黑龙江辖境。
民国元年（1912年），撤东兴镇协领公署，划归木兰县管辖。民国2年（1913年），实行省、导、县制，撤府、州，木兰县公署成立，遂归黑龙江省绥兰道管辖。民国16年（1927年），置东兴设治局，脱离木兰县，归绥兰道直辖。民国18年（1929年），该省、限制，木兰县、东兴设治局直属黑龙江管治。
1932年（伪满大同元年）9月，日军占领木兰，建立伪县公署，为伪黑龙江省公署管辖。1933年（伪满大同2年）8月，撤东兴设治局，建立东兴县（丁等县），亦为伪黑龙江省公署管辖。
1934年(伪满康德元年)省辖范围划小。木兰、东兴两县均划归滨江省辖治。
1945年“八·一五”东北光复。9月6日，李兆麟将军派抗联将士陈德山、赵连升、何有才抵木兰，进行建党、建军、建政工作。
1946年2月，木兰、东兴两县相继解放，分别建立民主政府。两县归松江省哈北专区管辖。
1947年11月，东兴县制撤销，并入木兰县，仍归松江省哈北专区管辖。
1949年，县民主政府改为县人民政府，为松江省政府直辖。
1954年8月，松江省与黑龙江省合并为黑龙江省，木兰有黑龙江省直辖。
1955年，县人民政府改为县人民委员会。1956年3月，划归黑龙江省绥化地区管辖。
1958年8月，改属黑龙江省松花江地区管辖。
1960年5月，木兰划归哈尔滨市辖。1965年6月划出，仍归黑龙江省松花江地区管辖。
1967年7月，县革命委员会成立，取代了县人民委员会，为松花江地区革命委员会领导。 1978年11月，改属松花江地区行政公署管辖。1980年9月，县革命委员会撤销，恢复县人民政府，仍属松花江地区行政公署领导。1997年，松花江地区行政公署与哈尔滨市合并，划归哈尔滨市管辖。v
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